Οι τροφικές δυσανεξίες είναι αντιδράσεις σε ορισμένες τροφές χωρίς να υπάρχει αλλεργία, αν και μπορεί να εμπλέκεται το ανοσοποιητικό σύστημα, για αυτόν τον λόγο δεν είναι επικίνδυνες, αλλά μπορούν να προκαλέσουν σοβαρή δυσφορία και πόνο. Στις περισσότερες περιπτώσεις προκαλείται από την συστημική απουσία ενός ενζύμου που βοηθά στη πέψη ορισμένων τροφών, αυτό σημαίνει ότι καθώς οι τροφές αυτές περνάνε μέσω του πεπτικού συστήματος, τα βακτήρια στο έντερό σας τρέφονται από αυτές και παράγουν πολλά προϊόντα μεταβολισμού, όπως αέρια. Μπορεί να έχετε τροφική δυσανεξία εάν μετά από ορισμένα γεύματα αισθάνεστε πόνο στην κοιλιά, τυμπανισμό ή ακόμη και διάρροια, ναυτία και εμετό και πιθανός ημικρανίες.

Οι πιο συνηθισμένες τροφικές δυσανεξίες είναι σε ορισμένες πρωτεΐνες ή σάκχαρα που βρίσκονται στα τρόφιμα, όπως η λακτόζη, η φρουκτόζη, η ισταμίνη και η γλουτένη. Μέρος του πληθυσμού έχει δυσανεξία στη λακτόζη μετά από κάποια ηλικία, αυτό όμως μπορεί να μην φανεί γιατί μπορεί να μην υπάρχουν συμπτώματα αν καταναλώνετε μικρές ποσότητες γαλακτοκομικών προϊόντων. Η κοιλιοκάκη είναι η ανοσολογική αντίδραση του οργανισμού στην παρουσία γλουτένης στα τρόφιμα, αυτό δεν είναι το ίδιο με τη δυσανεξία στη γλουτένη. Αν έχετε δυσανεξία στη γλουτένη, μπορεί απλώς να μην μπορείτε να κάνετε πλήρης πέψη της γλουτένης, αλλά να αντέχετε μικρές ποσότητες, το οποίο δεν θα οδηγήσει σε βλάβη του λεπτού εντέρου όπως θα συνέβαινε στην κοιλιοκάκη, αλλά απλώς θα οδηγήσει στα κοινά συμπτώματα της δυσανεξίας στα τρόφιμα. Η δυσανεξία στη φρουκτόζη είναι η δυσκολία πέψης της ζάχαρης των φρούτων, διαγιγνώσκεται κυρίως σε μικρή ηλικία, από τη στιγμή που ένα μωρό αρχίζει να τρώει στερεές τροφές, μπορεί όμως να παρατηρηθεί αργότερα και όταν ένας ενήλικας αρχίζει να τρώει πολλά φρούτα. Η αντίδραση στην ισταμίνη προκαλείται όταν το σώμα σας δεν μπορεί να παράγει ένα ένζυμο που βοηθάει να πέψετε αυτήν την ουσία που βρίσκεται σε πολλά κοινά τρόφιμα, όπως το κρασί, το τυρί, οι μπανάνες, και η σοκολάτα.